制作双层PDF的软件有很多选择，以下是几款推荐的软件：
1. Adobe Acrobat：这是一款功能强大的PDF编辑软件，可以用来创建、编辑、合并、加密和压缩PDF文件。它支持制作多层的PDF文件，并且有丰富的编辑选项。不过需要注意的是，某些高级功能可能需要付费使用。
2. Foxit PhantomPDF：同样是一款强大的PDF编辑软件，它允许创建多层PDF并允许用户对每一层进行独立编辑。这款软件还提供了许多其他功能，如数字签名、注释和表单字段等。
3. Microsoft Word或PowerPoint转PDF插件：如果你已经有Word或PowerPoint文档，你可以使用这些软件的转PDF插件来创建多层PDF文件。这些插件允许你将文件转换为PDF格式并保留所有原始格式和内容。转换后的PDF文件可以被进一步编辑或分割以创建双层PDF。此外，你可以将不同页面分别保存在不同的文件中，再将它们合并为一个单独的PDF文件以实现双层效果。这个过程可能稍微复杂一些，但可以根据需求逐步进行尝试和调整。此外还可以通过Adobe Illustrator等图形设计软件进行创建分层PDF文件的操作。以上信息仅供参考，可以综合自己的需要和实际使用情况进行软件选择和使用探索。更多详细信息可以在网上寻找官方资源获得解答和进一步帮助。