在政府会计改革过程中，新旧制度的衔接是一个关键环节。其中，预算会计中的资金结存期初余额与财务会计之间的差异问题尤为引人关注。这种差异并非偶然，而是由多种因素共同作用的结果。

首先，从核算基础来看，预算会计采用的是收付实现制，而财务会计则更多地遵循权责发生制。这意味着两者在确认收入和支出的时间点上可能存在不同步的情况。例如，在某些情况下，某笔款项可能已经支付但尚未计入相关项目的成本，或者相反，某项费用已经被确认但实际支付却发生在下一期间。这些时间上的差异导致了两者的资金结存金额出现不一致。

其次，政府会计改革后引入了更为全面且详细的科目体系，使得对资产、负债以及净资产等要素的计量更加精确。然而，在将历史数据转换为新制度时，由于原有系统可能存在局限性或不完善之处，因此可能导致部分数据无法完全准确地迁移至新系统内，进而影响到资金结存期初余额的一致性。

此外，还有可能是由于政策调整或者特殊事项处理方式的变化所引起。比如，在某些特定领域（如社会保障基金）内实施了新的管理办法之后，对于这部分资金如何进行会计核算可能会有所不同，从而进一步拉大了预算会计与财务会计之间资金结存期初余额间的差距。

综上所述，政府会计新旧衔接中预算会计的资金结存期初余额与财务会计之间存在的差异是由多方面原因造成的，包括但不限于核算基础的不同、科目体系变化以及相关政策调整等因素的影响。为了更好地理解和应对这一现象，在实际操作过程中需要加强各部门间的信息沟通，并确保所有相关人员都能充分理解并正确执行相关规定，以促进整个体系平稳过渡并实现高效运作。