故事开始于一系列离奇的海上事故，多艘船只在公海遭遇不明物体的袭击。这些事件引起了全球范围内的关注，人们纷纷猜测这究竟是什么怪物。一些人认为是一头巨大的独角鲸，而另一些人则坚持认为这是一种新型的战争武器。为了揭开谜团，一位名叫阿龙纳斯的法国教授被邀请参加一次秘密调查任务。
在调查过程中，阿龙纳斯教授与他的助手康塞尔以及捕鲸手尼德·兰一起登上了林肯号驱逐舰。这艘船是由美国政府派出的，专门用于追踪并研究这个神秘生物。然而，在一次激烈的追逐中，林肯号不幸撞上了所谓的“怪物”，导致全体船员落水。
幸运的是，阿龙纳斯三人并没有丧生。他们发现自己竟然奇迹般地漂浮在一个坚固而光滑的表面上——原来这并不是普通的独角鲸，而是一艘先进的潜水艇！随后，他们被潜水艇上的船长尼莫带入了这个前所未见的世界。
尼莫船长是一位性格复杂的人物，他对人类社会持有强烈的批判态度，并选择远离陆地生活。在他的带领下，阿龙纳斯等人得以深入探索海底的奥秘。他们目睹了五彩斑斓的珊瑚礁、奇异的海洋生物以及壮观的沉船遗迹。与此同时，他们也逐渐了解到尼莫船长内心深处的孤独与痛苦。
这一部分内容不仅描绘了令人惊叹的自然景观，还通过紧张的情节设置引发了读者对人性、科技与自然关系的思考。《海底两万里》以其丰富的想象力和科学知识奠定了其经典地位，同时也为后续章节埋下了伏笔，使得整个故事更加引人入胜。
